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 Etica dell'utilizzo di filtri software in microscopia
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gippo
Utente Senior

Città: Thiesi
Prov.: Sassari

Regione: Sardegna


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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 18:15:42 Mostra Profilo  Apri la Finestra di Tassonomia

Avendo con G55 in altro post avuto modo di discorrere,purtroppo non dal vivo,circa un cambio di obiettivo
con capacità cromatiche inferiori,nella fattispecie un suo Lomo 90X rispetto ad uno Zeiss Neofluar 100X,sostenevo che
l'utilizzo di filtri software "rispettosi" e non snaturanti rispetto al soggetto fosse giusto e utile.

Più che frutto di una mia convinzione irremovibile,questo viene da alcuni dubbi che io stesso mi pongo
nella manipolazione "fuori ottica" dell'immagine.

Sostengo che dove non arriva l'ottica per incisione,possa arrivare una buona maschera di contrasto
Dove non arriva la cromaticità di un'obiettivo può aiutare un buon filtro di saturazione.

Senza snaturare l'immagine naturalmente,e il suo valore scientifico.

Faccio l'esempio del DIC...grande tecnica e spettacolare,
ma di quale valore scientifico?,se è resa solo una immagine di superficie e per giunta
ottenuta con tecniche interferenziali?
Credo fra Fotomicrografia e Microscopia non debbano esistere distinzioni ne mai quì le ho trovate precisiamo.

Avendo postato su Fbook una delle stupende fotomicrografie dell'amico Guido in ill.lat. classificata come Gonium sp.
giustamente l'amico Daleo mi faceva notare che era un pò azzardato classificare come Gonium avendo perso l'immagine
tutti i caratteri distintivi salvo l'esuberanza estetica, ha convenuto infine su Gonium
dopo avergli mostrato le immagini in illuminazione diretta concesse da Guido.

Lo stesso Guido "G55" ha proposto alcune immagini dei flagelli di Gonium ottenute
con Lomo 90X ritenuto inferiore allo Zeiss Fluar 100X,e ritenute da me invece di valore scientifico molto superiore.

La mia tesi è che nel rispetto del valore scientifico dell'immagine
l'utilizzo di filtri software e di contrasto di denoising e di evidenziazione e di cromatismo
sia altrettanto più lecito che tecniche come D.I.C o illuminazione laterale.

Vi parrà discorso di lana caprina...ma non sapete quante volte mi son posto il problema,
da novizio alla microscopia, nell'applicare alle diatomee un filtro che pure le valorizzava, e proporvele.

Mi sarebbe di grande aiuto sentire cosa pensa chi già si è posto il problema,
e ha esperienza di anni di fotomicroscopia


Gippo


Chi si accontenta gode...e sono c...occi suoi!

Modificato da - gippo in Data 22 ottobre 2013 18:18:35

Guido Gherlenda
Utente Senior


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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 19:16:37 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Se il riferimento è a
MERAVIGLIOSE QUELLE OASI VERDI NEL DESERTO DI GHIACCIO DELL'ANTARTIDE CHE GETTANO OMBRE LUNGHE CREPUSCOLARI SI COME LONTANI PICCHI LUNARI.

è chiaro che in questo caso non c'è niente di tecnico ne tantomeno scientifico, è però un caso limite che non rientra neppure nella fotomicroscopia, nessuno si sognerebbe di dare nome e cognome ai soggetti se non vedendo altre immagini più adatte e meno pittoriche.

Per tutte le alre forme di elaborazione è un diverso modo di vedere la realtà, l'episcopia è probabilmente l'unica che permette di vedere un soggetto come si presenterebbe se fosse tanto grande da vederlo ad occhio nudo come noi abitualmente osserviamo quello che ci circonda.

BF, CdF per non parlare di DIC, sono tutte varianti di una realtà ben diversa da quanto i nostri occhi sono abituati ma non per questo non vera.

I miei scatti passano tutti per programmi di ritocco, nei casi migliori per togliere alcuni punti di polvere, in altri per contrasto o eliminazione di grandi parti di sfondo che distraggono la visione, in ogni caso il soggetto è sempre quello che vedo e evito di modificarne la forma.

Io sono del parere che ben vengano tutte le elaborazioni che migliorano quanto già c'è, sono contrario a tutto quello che viene aggiunto (a me viene una voglia irrefrenabile di farlo con i dots della Amphipleura pellucida).

Guido Gherlenda
45°46'38.85"N 12°28'59.46"E
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gippo
Utente Senior

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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 19:47:02 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Non è quello il riferimento (Escocat)...Ben vengano certe immagini splendide tue e d'altri,non mi sarei posto la tua di Gonium come wallpaper...

E' più un mio rovello personale nel proporvi come già accennato certe diatomee splendide ma ritoccate perchè questo è il termine...ritoccate

Sono io che mi chiedo quanto questo sia lecito anche se è renderle invece che belle,stupende...inoltre mi ha fatto riflettere quel che hai detto sugli obiettivi...
quanto perde uno Zeiss fluor rispetto ad un Lomo,che non possa essere recuperato in postproduzione?
Avro' pure tempo da perdere ma certi dubbi me li pongo,dato che presento le mie immagini a persone serie...se nò facciamo guerre stellari a effettistica e no problem...

Il riferimento di Escocat rispetto alla tua proposta...avessi scritto io sarebbe stato identico...
Quella fotomicro è una poesia.

O devo mettermi di buzzo buono e scrivere con somma gioia di Volvox qualche verso in incomprensibilese che tanto gli aggrada?

Chi si accontenta gode...e sono c...occi suoi!
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Marco Spiller
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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 20:54:40 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Meno male che nessuno ha fatto cenno al mio tanto amato CNSG (contrasto negativo in scala di grigi) e perciò ne sono uscito illeso ..... almeno per ora

Marco

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Guido Gherlenda
Utente Senior


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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 21:22:22 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Non ne sei assolutamente uscito indenne: il tuo contrasto di fase negativo rientra a pieno titolo tra le elaborazioni più o meno opinabili, anzi da come la pensa qualcuno che non perde occasione di fartelo notare direi che rientra tra le più.
A me non spiace specialmente quando mette in risalto quello che altrimenti sarebbe di difficile lettura.

Guido Gherlenda
45°46'38.85"N 12°28'59.46"E
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Marco Spiller
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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 21:30:40 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Guido, mi hai appena fatto crollare il mondo addosso . Speriamo che non ci si metta qualcun'altro a rincarare la dose .

Marco

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Guido Gherlenda
Utente Senior


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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 21:45:45 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Non devi preoccuparti, chi è nell'Olimpo può fare quello che vuole, fa tendenza....... siamo noi terrestri a doverci destreggiare tra una critica e l'altra quando facciamo qualcosa di diverso e che magari ci sembrava una cosa ben fatta.

Guido Gherlenda
45°46'38.85"N 12°28'59.46"E
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escocat
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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 23:48:26 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Discussione interessante
Sembra facile, ma io non riesco ad avere un'opinione ben salda, e di solito ho le idee piuttosto chiare
Non credo si possa usare come riferimento un "grado di realtà", perchè le cose di cui ci occupiamo non ne hanno. E forse niente in questo mondo ne ha Ma mettiamo da parte le cose alla nostra scala, le sedie, i tavoli, le persone, e occupiamoci dei protisti e dei batteri. Ciò che vediamo al microscopio NON è il batterio, ma l'immagine del batterio, cioè un'elaborazione di un sistema ottico. E stiamo parlando di un'elaborazione feroce, mica poco. Se pensiamo che tipo di trattamento subiscono le onde luminose quando attraversano 100 superfici che separano mezzi diversi, con tutti i fenomeni che intervengono (rifrazione, diffrazione, polarizzazione) e che sono addirittura quantistici...
se scendessimo lì sul vetrino e fossimo quanto il batterio, vedremmo ben altra cosa di ciò che vediamo "al di quà" degli oculari. Non ne ho la prova (ovviamente) ma ci scommetterei. O forse non vedremmo nulla... quindi abbandoniamo ogni "grado di realtà" e consideriamo "reale" l'immagine in se, è quello l'oggetto della microscopia. Non i batteri, ma ciò che un sistema mostra del batterio. Il batterio E' la sua immagine. Allora consideriamo più fedele all'intimità del batterio la sua immagine "meno elaborata". Cioè: più il sistema è "semplice" più l'immagine è "nuda", cioè "realistica". Ecco che il campo chiaro in episcopia viene considerato di maggiore fedeltà, laddove DIC e CdF sono più distanti. Questo concetto l'ho espresso più volte, ma dobbiamo considerare anche le nostre intenzioni. Non c'è mai l'oggetto osservato separato dal soggetto osservatore. Osservabile e Osservatore formano un unico sistema, con interferenze che si mutuano e si sovrappongono. Quando tiro fuori un'immagine, sono io che l'ho tirata fuori. Perchè? Qual'è il mio scopo? Qual'è la mia sensibilità? Cosa voglio trasmettere? Bene, se voglio trasmettere il "piacere" di evidenziare cilia e flagelli, il campo chiaro serve ben poco. Ecco che mio malgrado mi serve il CdF. Ho stravolto la realtà? No, semplicemente sto osservando un'altra realtà del batterio sovrepposta a quella precedente. L'immagine del batterio in CdF coesiste con quella in campo chiaro, ed io tiro fuori ora l'una ora l'altra, a seconda delle mie motivazioni. Cosa volete che sia un lavoro aggiuntivo in post-produzione dopo tutto questo macello? E' semplicemente una elaborazione di un sistema aggiunto, che potrebbe essere un sensore o un software. Anche se li togliamo questi ultimi, non potremmo mai togliere quel sistema aggiunto che sta oltre i nostri occhi anch'esso dotato di un potente software e che chiamiamo "mente". Infatti mente spudoratamente, e quel batterio se ne sta incognito per sempre.
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Guido Gherlenda
Utente Senior


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Inserito il - 22 ottobre 2013 : 23:59:20 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia

Guido Gherlenda
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escocat
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Inserito il - 23 ottobre 2013 : 00:53:26 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
In questo esempio (che non ha avuto molto successo, forse ha scandalizzato un pò tutti) un software opera sui valori numerici RGB in modo da distanziare colori molto vicini tra loro e avvicinare colori molto distanti, simulando un CdF artificiale molto esasperato. Allontanare colori molto vicini significa mettere in risalto particolari altrimenti confusi nell'immediato contorno.


Immagine:
Etica dell''utilizzo di filtri software in microscopia
106,85 KB

Questo sarebbe un Euplotes visto con "altri" occhi.
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escocat
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Inserito il - 23 ottobre 2013 : 14:55:56 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
In quest'altro esempio ho voluto dare un pò di colore ad un branco di Litonotus, senza esagerare


Immagine:
Etica dell''utilizzo di filtri software in microscopia
215,15 KB

Come si reagisce di fronte a questa foto? Separiamo le due facoltà critiche di cui siamo fatti:
1) Bellezza. Indubbiamente è una bella foto, se non altro per i suoi colori, tenendo anche presente che di foto si tratta e non di un quadro dipinto, e per di più una foto al microscopio che ritrae soggetti delle dimensioni di pochi micron.
2) Utilità. "Quei colori non esistono nei Litonotus ed attorno a loro sul vetrino." Io avrei qualche perplessità nel commentare questa frase, soprattutto sul concetto di "esistenza" di un colore, intesa come "realtà esterna". Sono belle le foto in luce polarizzata, ma quei bei colori esistono? Sono belle le foto al Dic, ma quei rilievi e quelle ombre esistono? La polarizzazione è un fenomeno di elaborazione, il filtro polarizzatore è un sistema aggiunto. Anche il PC è un sistema aggiunto, anche un algoritmo sui colori è un fenomeno di elaborazione. Ciò che conta non è di che colore sia un pixel, ma che differenza di colore ci sia tra un pixel e i suoi vicini. E' qui che si nasconde l'informazione (scientifica) e la bellezza. Se fotografo 100 volte i Litonotus ed uso sempre lo stesso PC e lo stesso algoritmo, usciranno fuori sempre quei pazzi colori. Dunque essi sono un'informazione strettamente legata alla natura profonda dei Litonotus. Le uniche foto di cui dovremmo aver paura sono quelle brutte e inutili, e nessuna foto al microscopio o al telescopio rientra in questa categoria.

Modificato da - escocat in data 23 ottobre 2013 14:59:35
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Marco Spiller
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Inserito il - 23 ottobre 2013 : 17:58:19 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Esco, non sei mai stato più saggio di così. Però per togliermi ogni dubbio andrò a scartabellare i tuoi post degli ultimi 20 anni onde evitare di prendere un granchio anzi un Euplotes, tra l'altro elaborato con un sistema interessantissimo che amplifica alcune delle informazioni comunque già presenti nell'immagine originale.
Resta il concetto giustamente espresso da te già nelle tue prime righe che ciò che osserviamo è comunque quello che un sistema ottico ci porge ma quanto poi sia vicino alla realtà non è dato di sapere.
Alla fine della fiera, avevi già fatto bella figura nelle prime 5 righe

Marco

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gippo
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Inserito il - 23 ottobre 2013 : 18:32:15 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
In effetti se andiamo a vedere ha ragione Escocat,lasciando la microscopia,prendiamo l'astronomia,l'universo ormai si ascolta,e si osserva su mappe radio,un'astro invisibile,diventa percepibile solo in radiazione X o gamma,il tutto elaborato via software,nel mio campo(radiologia) ormai è quasi tutta una acquisizione e rielaborazione software,ed ogni filtro software può dare informazioni essenziali e precise che altri non danno...

La foto di Esco di Euplotes fornisce informazioni o le amplifica nella loro natura flebile,come la tecnica utilizzata da Marco su alcuni esemplari...effettivamente potremmo dire che i filtri possono essere considerati l'evoluzione dei coloranti di un tempo,da quella foto.

La foto di Guido ripeto è uno spettacolo e non intendevo fare critica alla tecnica,mette in evidenza altre strutture che non vedremmo,e non troveremmo mai su un libro di classificazione,si avvicina alla microscopia elettronica salvo per i colori che sono un'altro valore aggiunto...
Senza le tecniche che utilizzi i dot delle diatomee e come li si vede??

Farei distinzione fra tecniche di ripresa es. campo oscuro,illuminazione laterale,polarizzata,fluoroscopia le quali ognuna dà un certo tipo di informazione,come la struttura di superficie nel caso dell'ill.lat di un'esemplare,altrimenti invisibile in luce diretta...e applicazione di filtri software anche se il risultato è poi convergente,ossia evidenziare una morfologia non avvertibile
ne con altre tecniche ottiche ne con altre elaborazioni software.

Diciamo che per l'idea che mi son fatto da questo discorso è che le elaborazione che facciamo sono lecite ed anche in fondo abbastanza leggere.

Questo discorso è nato da una delle ultime catture effettuate la Cilindroteca closterium,per la quale mi pare Marco commento' "bella incisione",l'incisione era una accentuazione del bordo via software,ne mia perizia nel fuoco, ne valore dell'ottica...mi era quasi sembrato di farvi un torto nel presentarvi immagini rielaborate,tutto quì.


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Marco Spiller
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Inserito il - 23 ottobre 2013 : 18:59:49 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Se per creare un effetto di maggiore incisione al soggetto hai dovuto elaborare con un software ben venga, hai fatto bene. Sicuramente l'avrei fatto anch'io

Marco

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escocat
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Inserito il - 23 ottobre 2013 : 20:41:17 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Ma certo, al di là del mio discorso esasperato che va preso con le pinze (non posterei mai esclusivamente foto trattate dai miei algoritmi se non insieme e dopo la foto originale) voi state parlando di trattamenti deboli che migliorano la resa visiva senza introdurre artefatti: è cosa buona e giusta. Se una foto mediocre può diventare presentabile che c'è di male? Nel mio forum di astronomia se uno posta una foto non trattata (cioè vergine, così come esce dalla ripresa) lo insultano e dopo 4 foto lo cancellano. E qui si sta parlando di trattamenti che rasentano la chirurgia plastica (dimezzamenti dei diametri delle stelle, stravolgimenti e falsificazioni dei colori delle nebulose, bracci di galassie che non esistono ecc. ci mancano solo gli omini verdi...

PERO'....

Attenzione alle elaborazioni ed ai filtri che introducono rumore di fondo.

Modificato da - escocat in data 23 ottobre 2013 20:46:15
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gippo
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Inserito il - 24 ottobre 2013 : 14:50:28 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Abituato dal lavoro che faccio cerco di evitare il rumore come la peste,che si porta dietro e crea artefatti terrificanti,in genere ora anche come approccio tendo ad avitare se possibile operazioni sul soggetto,anche perchè i migliori generatori di rumore sono proprio i filtri di contrasto,in genere se li utilizzo tendo poi a ripulire con filtri di eliminazione particolarmente sofisticati,che significa manipolare-rimanipolare tarando-che alla fine è meglio non applicare nulla...

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greenalga
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Inserito il - 24 ottobre 2013 : 15:26:44 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Messaggio originario di escocat:

Nel mio forum di astronomia se uno posta una foto non trattata (cioè vergine, così come esce dalla ripresa) lo insultano e dopo 4 foto lo cancellano........

e che aspetti a lasciarlo

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escocat
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Inserito il - 24 ottobre 2013 : 21:55:28 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
In astrofotografia le stelle mosse e quelle a palla sono un'offesa! Sarebbe simpatico stabilire quali sono le offese in microfotografia
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greenalga
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Inserito il - 25 ottobre 2013 : 16:32:10 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
.....e chi può dirlo

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gippo
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Inserito il - 25 ottobre 2013 : 19:12:15 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Offesa 1) tagliare la testa o i piedi al soggetto (come in fotografia),salvo avvertire che si tratta di particolare

Offesa 2) copiaincollare altro protista dentro un'ameba e spacciare per buono il pasto

Offesa 3) Disegnare a mano i tentacoli dei suctori

offesa 4) passare un 200x per 400x...

continuate...

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escocat
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Inserito il - 25 ottobre 2013 : 21:53:27 Mostra Profilo Apri la Finestra di Tassonomia
Offesa 5: mettere troppa acqua sul vetrino

Offesa 6: usare un 100x Oil a secco

Offesa 7: tenere chiuso il diaframma del condensatore

Offesa 8: postare foto 100x100 pixel

Offesa 9: usare un 20x/0,40

Offesa 10: usare coprivetrini ammuffiti

Offesa 11: fregarsene del bilanciamento del bianco

Offesa 12: non mettere le misure

......

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