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Galleria Tassonomica
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Natura Mediterraneo
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theco
Utente Super
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 Inserito il - 02 febbraio 2009 : 14:40:05
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| Messaggio originario di Italo:
Non vorrei sembrare saccente, ma in medicina esistono metodi statistici (peraltro tranquillamente ignorati dalla maggioranza dei medici) in grado, al variare di una variabile continua, ad es. pressione sistolica, di valutare la probabilità che un individuo sia affetto da una determinata patologia. E' noto, infatti, che "diagnosi certe", almeno a priori, non esistono.
Nel caso la variabile considerata non sia abbastanza discriminante, si possono utilizzare più variabili collegate tra loro da qualche algoritmo o anche uno "score" ottenuto come somma di punteggi diversi desunti da variabili qualitative e quantitative.
Nulla di più adatto, ed anche relativamente facile, nel caso si voglia discriminare tra due specie affini. Il punto debole del discorso, è la numerosità: a meno di un metodo eccezionalmente efficace, con piccoli campioni l'incertezza diagnostica rimane comunque troppo ampia.
Per chi volesse documentarsi su Internet, sto parlando di Teorema di Bayes, analisi discriminante e, soprattutto, curva ROC.
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Introduzione
Già più volte è stato rilevato che le tradizionali chiavi dicotomiche sembrano avere una scarsa efficacia diagnostica nel campo della sistematica applicata ai molluschi marini.
E' opinione diffusa tra i malacologi che le misurazioni di diversità morfologica siano più efficaci se condotte tra gruppi di parametri che non sulla somma di criteri singoli.
Dopo un annetto abbondante, dal momento in cui ho sviluppato interesse per i microgasteropodi marini, non posso fare altro che condividere questa opinione, benchè non sia ancora riuscito a darmene una spiegazione coerente.
Per minimizzare l'errore commesso nel dividere gruppi morfologici omogenei, sembra indispensabile ricorrere a meccanismi di analisi multivariata, quale l'analisi discriminante suggerita da Italo, purtroppo di non semplice applicazione, almeno per me.
A titolo di studio e curiosità personale vorrei testare un approccio di questo genere, applicandolo al gruppo delle Eulimella, recentemente trattato su questo forum.
Grazie al lavoro di Italo ed Ermanno ho a disposizione, benchè su un campione molto ridotto, un insieme di caratteri diagnostici elementari e le relative misurazioni quali-quantitative, che dovrò in qualche modo riuscire a costituire in 'gruppi di caratteri'.
Il primo passaggio è quello di cercare di definire, per ognuno dei caratteri elementari qualitativi, l'attitudine a comportarsi da marker diagnostico. Vorrei provare a costruire qualcosa di simile a una curva ROC per alcuni dei caratteri che abbiamo analizzato e per farlo mi occorre la vostra collaborazione.
Non entro nel merito degli strumenti statistici proposti, se interessati potete approfondirli seguendo l'indicazione di Italo come ho fatto io... dico solo che per farlo ho necessità di fare un test, per ognuna delle variabili, nel quale io sia in grado di rapportare tra loro la sensibilità del test (cioè le ricorrenze positive) con la sua specificità (cioè le ricorrenze falso-positive).
Cosa occorre fare?
Faccio un esempio per capirci...
Prendiamo ad esempio il tipo di protoconca: si tratta di un carattere diagnostico elementare, di natura qualitativa, che nelle Eulimella può assumere valore A, oppure B, oppure intermedio tra A e B. Si tratta quindi di un carattere che ha una distribuzione continua nel campione (esistono cioè situazioni intermedie che ci complicano la vita).
La domanda è: si tratta di un carattere diagnostico utilizzabile? e in caso positivo, con quale peso?
Ed è qui che mi occorre la vostra collaborazione.
Io posterò immagini di protoconche chiedendovi di comunicarmi la vostra diagnosi, cioè di dirmi se secondo voi sono di tipo A oppure di tipo B.
Chi vuole partecipare potrà inviarmi un messaggio privato con la sua risposta... perchè privato? perchè in questo caso non si tratta di capire se l'immagine proposta sia realmente A oppure B, ma si tratta invece di misurare quanta incertezza lascia quell'immagine nella divisione del campione.
Per questo motivo la lettura delle risposte di chi ha preceduto influenzerebbe la risposta di chi viene dopo, falsando i risultati del test: ora questa discussione è aperta per raccogliere consigli e fornire spiegazioni poi, quando si parte, sarà bloccata e non sarà possibile scrivere direttamente qui le risposte, ma solo inviarle a me privatamente.
Io non pubblicherò nessuna risposta, in modo che ognuno si senta libero di esprimersi senza timore di sbagliare e senza che il suo eventuale errore venga reso noto... sì, è vero, io dovrò contarli gli 'errori', ma io sono il meno esperto di tutto il gruppo e quindi con me nessuno può 'sfigurare' 
Attenzione, molto importante: io possiedo poche Eulimella e quindi dovrò utilizzare per forza foto già esistenti sul forum, ciò significa che se prima di rispondere andate a cercarvi la risposta giusta sul forum non avete capito lo spirito del test... dovete comportarvi come se quell'immagine che state guardando la vedeste per la prima volta nell'oculare del vostro microscopio, non ha nessuna importanza che diate la 'risposta giusta', la cosa importante è che rispondiate solo ed unicamente sulla base di quelle che sono le vostre sensazioni e le vostre conoscenze. Se non siete disposti a comportarvi così vi prego di astenervi perchè rendereste vana la collaborazione di chi ha operato nel modo corretto e inapplicabili i risultati dei test.
Perchè farlo
Perchè se il lavoro riesce bene potremmo avere, a disposizione di tutti, un buon strumento diagnostico per identificare le Eulimella e poi, facendo i test proposti, ognuno avrà la possibilità di mettere alla prova le proprie conoscenze e quindi di migliorarle, verificando quanto ha assimilato del lavoro di Italo ed Ermanno.
Per questo motivo siete tutti invitati a partecipare, tranne Italo ed Ermanno... perchè? perchè i valori di riferimento che vi proporrò, per assegnare i caratteri all'una o all'altra specie sono stati formalizzati proprio da loro e quindi non possono testarli personalmente.
A loro chiedo, se interessati, di darmi una mano nell'elaborazione dei dati e nella costruzione del modello.
Una volta che saremo in possesso delle curve di affidabilità dei diversi parametri faremo il passo successivo... naturalmente ad ogni test vi terrò aggiornati sui risultati.
Dateci sotto con i commenti, i consigli, le critiche e fatemi sapere qui di seguito se vi interessa partecipare. Grazie.
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argonauta
Utente Super
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6664 Messaggi
Biologia Marina |
Inserito il - 02 febbraio 2009 : 19:13:36
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Si tratta di imparare e di cimentarsi, sotto a chi tocca. Io ci stò.
Mario
Volgi gli occhi allo sguardo del tuo cane: puoi affermare che non ha un'anima?
(Victor Hugo) |
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theco
Utente Super
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Inserito il - 03 febbraio 2009 : 18:05:30
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Ho dimenticato di dirvi che prima di aprire questa discussione ne ho parlato con Ermanno e Italo, per chiedere il loro parere e mi hanno incoraggiato a proseguire.
Allora proviamo... spero che qualcun altro voglia unirsi a Mario 
Vi chiedo di rispondere alla seguente domanda:
Secondo te quali tra i seguenti esempi rientrano tra i profili con giri piatti e non convessi?
Vi ricordo che non è possibile fare una scelta intermedia, o sono piatti o non lo sono e dovete decidere voi personalmente dove collocare la separazione tra i due tipi. Vi ricordo infine che potete utilizzare tutto il materiale bibliografico che volete tranne che la discussione sulle Eulimella presente qui sul forum: non apritela, non guardatela, fate conto che non esista fino a che avrete inviato la risposta.... è molto importante.
Per rispondere inviatemi un messaggio privato nel quale mi fate l'elenco dei numeri che secondo voi rispondono alla domanda sopra esposta... altra cosa importante: non scrivete qui in chiaro la risposta e non fate nessun commento che possa influenzare altre persone. Se possibile prego un moderatore di bloccare questa discussione dopo questo messaggio.
Quando tutte le risposte saranno state spedite potremo riaprire la discussione e commentare tranquillamente.
Partiamo...
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Attendo per mp la vostra lista dei profili a giri piatti. Grazie.
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
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Inserito il - 04 febbraio 2009 : 09:22:57
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Ringrazio per la partecipazione Ang, Argonauta e Raphitoma, mi dicono che è sufficiente un minuto per inviare la risposta... quindi partecipate numerosi.
Anche se le micro non sono la vostra passione partecipate ugualmente... un giro piatto è un giro piatto, fate conto che gli esemplari postati siano lunghi 10 cm tanto non ha nessuna importanza, qui, riconoscere la specie.
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
6114 Messaggi
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Inserito il - 04 febbraio 2009 : 11:53:08
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Grazie per la collaborazione anche a Mitra, Peppino, Squalo e Spanter.
Per chi me lo ha chiesto confermo che dopo l'analisi di ogni carattere fornirò le 'risposte esatte', cioè il nome della specie e il valore indicato per quella specie nel lavoro di Ermanno e Italo.
Naturalmente fornirò anche la curva che risulterà dalle vostre risposte, in modo che si possa valutare insieme la 'solidità' del carattere considerato a fini diagnostici.
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
6114 Messaggi
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Inserito il - 04 febbraio 2009 : 18:17:51
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Grazie anche a Myzar, Nicchi, Chiton e Marco Rossi,
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
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Inserito il - 05 febbraio 2009 : 09:50:12
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Grazie anche a Mathilda, Fabiolino black sheep, Francesca Rosati e Oxon.
Se qualcuno ancora desidera partecipare lo sollecito a farlo, nel pomeriggio vorrei tirare le fila di questo primo giro.
Se al momento siete impossibilitati non c'è alcun problema anche se poi cominciate ad intervenire successivamente.
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
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Inserito il - 05 febbraio 2009 : 17:59:03
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Qui di seguito i risultati, ma prima due premesse.
Una determinazione è sempre il risultato dell'incontro (o dello scontro) tra una conchiglia e un conchigliaro. Di solito siamo portati a credere che in un processo di determinazione ci sia una sola incognita, la conchiglia, in realtà ce ne sono due: l'esemplare da determinare e l'esemplare che lo determina. Vediamo come si colloca questo test rispetto alle due incognite.
Questo primo test comprendeva una sola immagine per specie, nel proseguimento non sarà necessariamente così, ma è ovvio che anche nel caso in cui le immagini che valuterete nei prossimi giorni siano qualcuna di più, saranno sempre un campione infinitamente piccolo rispetto alla potenziale variabilità della specie.
Ciò significa che i risultati del test che vado a presentarvi sono inadatti a riassumere la variabilità intraspecifica, ma d'altra parte quale strumento mai potrebbe riuscirci?
Tutto ciò ci porta ad una prima premessa: i risultati che otterremo (se riusciremo ad ottenerli) godono di una buona affidabilità per individui 'tipo', là dove con il termine 'tipo' non intendo l'olotipo, ma lo standard così come ci è stato presentato nella discussione sulle Eulimella realizzata da Ermanno e Italo. Naturalmente quanto meno una specie è variabile, tanto più si alza il livello di confidenza allontanandosi dalla situazione 'tipo'.
Lascio giudicare a voi se questo risultato vi sembra troppo penalizzante, io credo proprio di no, a condizione di tenere ben presente questa premessa.
Veniamo alla seconda incognita. Hanno raccolto l'invito a partecipare 16 persone (spero se ne aggiungano altre strada facendo) che ringrazio di cuore. Non saprei dire quanto questo gruppo sia rappresentativo della variabilità intraspecifica del determinatore malacologico, certo è che si tratta di un gruppo di esperienza e competenza assortite e che difficilmente un sistema diagnostico viene realizzato con il coinvolgimento di un gruppo simile a questo.
La grande forza del forum (secondo il mio punto di vista) è propria quella di rendere possibili livelli di coinvolgimento altrimenti irrealizzabili. La seconda premessa è quindi che, dal punto di vista della popolazione di determinatori, possiamo fare conto su una situazione tutt'altro che puntiforme ma, a mio modo di vedere, piuttosto rappresentativa e quindi affidabile.
Basta chiacchiere e via con i risultati. Comincio presentando nuovamente le stesse immagini, corredate dal nome della specie e dalla connotazione relativa al profilo dei giri come risulta dalla scheda sulle Eulimella.
1- unifasciata - Giri piani
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2 - minuta - Primi giri convessi, poi piani
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3 - ataktos - Giri abbastanza convessi
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4 - acicula - Giri piani, più convessi i giri finali
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5 - cossignaniorum - Giri debolmente convessi
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6 - ventricosa - Giri molto convessi
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7 - bogii - Giri piani
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8 - neoattenuata - Giri depressi nella parte centrale
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9 - cerullii - Giri leggermente convessi
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10 - scillae - Primi giri subsoluti, gli altri piani
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A questo punto ognuno può verificare le proprie risposte ed eventualmente prendersela con Ermanno e Italo
Questo che segue è un diagramma che fornisce una misurazione dell'affidabilità interpretativa del parametro 'profilo dei giri' per le diverse specie di Eulimella; sorvolo sui meccanismi di costruzione, ma se interessano basta chiedere.
Profilo dei giri
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Risulta intuitivo vedere che quanto più una specie si trova vicina all'apice in alto a sx del diagramma e tanto più è affidabile il parametro 'profili dei giri' per distinguerla, con la relativa percentuale di affidabilità.
Come potete vedere per il 60% delle specie (6 specie su 10) il parametro risulta affidabile al 100%, si differenziano Eulimella scillae che presenta comunque un valore molto elevato (è possibile che gli scostamenti siano imputabili ad errori materiali nel comunicarmi la lista), Puposyrnola minuta che invece è poco caratterizzata dal profilo dei giri e infine il binomio bogii/cossignaniorum che non solo si dimostra poco caratterizzato dal profilo dei giri, ma addirittura arriva ad invertire lo standard proposto: valori di affidabilità inferiori al 50% significano che la specie viene ritenuta dalla maggior parte delle persone 'diversa' dal nostro standard di riferimento.
Al momento non c'è nessuna conclusione, i dati dovranno essere aggregati con gli altri... il parametro scelto per iniziare era volutamente 'semplice', proseguendo le cose diventeranno probabilmente meno ovvie.
Aggiungo anche una nota di metodo che non avevo detto in premessa: qualcuno ha lamentato la difficoltà in alcuni casi a decidere tra piatto e convesso senza potere utilizzare definizioni intermedie...
Confermo che non è possibile fare scelte intermedie, però è possibile escludere uno o più esemplari dalla propria proposta... però occorre dirmelo, altrimenti tutti gli esemplari non citati saranno considerati come esemplari privi della caratteristica richiesta in domanda.
In altre parole si potevano dare tre risposte: piatto, convesso, non lo so.
Sicuramente vi ho annoiato di chiacchiere, ora ditemi voi cosa ne pensate di tutto ciò, fuori suggerimenti e critiche, poi affronteremo un altro carattere.
Ciao, Andrea |
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squalo
Utente Senior
Città: roma
1201 Messaggi
Biologia Marina |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 18:49:06
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Interessante! Non sapevo di poter escludere le specie più dubbie
e dare la definizione solo per quelle certe...ad ogni modo non sarebbe cambiato molto il risultato,da quanto ho capito: le specie di dubbia definizione restano
tali(come gli essere umani ).
Squalo |
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argonauta
Utente Super
Città: Guidonia
Prov.: Roma
Regione: Lazio
6664 Messaggi
Biologia Marina |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 19:06:26
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...Confermo che non è possibile fare scelte intermedie, però è possibile escludere uno o più esemplari dalla propria proposta... però occorre dirmelo, altrimenti tutti gli esemplari non citati saranno considerati come esemplari privi della caratteristica richiesta in domanda....
Ora ho tutto più chiaro e spero che la volta prossima vada un pò meglio.
Mario
Volgi gli occhi allo sguardo del tuo cane: puoi affermare che non ha un'anima?
(Victor Hugo) |
Modificato da - argonauta in data 05 febbraio 2009 19:07:00 |
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marcorossi
Utente V.I.P.
Città: Caorle
Prov.: Venezia
Regione: Veneto
400 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 19:35:55
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Interessante e utile, vai avanti Theco.
Marco
"L'Universo non soltanto è più strano di quanto immaginiamo, è più strano di quanto siamo in grado di immaginare" J.B.S. Haldane |
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ang
Moderatore
Città: roma
Regione: Lazio
11316 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 21:05:33
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scusa non ho ben capito, quindi le serie vincente delle specie a giri piani è 1 2 4 7 10?
ciao
ang |
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nicchi
Utente Junior
Città: livorno
Prov.: Livorno
Regione: Toscana
91 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 21:21:39
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vorrei capire meglio:
la domanda era "giri piani o giri convessi?" non è possibile ai fini dell'indagine dare risposte intermedie.
Se l'expertise di chi risponde è tale da riconoscere "debolmente convesso" o "Giri piani, più convessi i giri finali", quale sarà la risposta utile?
quella più vicina (convesso il primo esempio e piano il secondo) o esclusione dell'esempio dalla risposta?
ciao
Nicchi (Carlo) |
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theco
Utente Super
6114 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 22:15:48
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La risposta 'esatta' secondo lo standard adottato era: 1-2-4-7-8-10, ma naturalmente non esiste risposta esatta, altrimenti una semplice chiave dicotomica risolverebbe i problemi... quello che stiamo cercando è la risposta più vicina al vero.
Là dove la convessità era diversa tra i primi e gli ultimi giri ho provveduto io nel crop ad includere nell'immagine solo i primi o solo gli ultimi giri, rendendo il quesito lineare.
La nr.8 è l'unica nella quale lo standard non parla di giri piani o di giri convessi, ma solo di giri depressi nella parte centrale, in altre parole di giri concavi: la totalità delle persone ha definito quei giri 'piani', come in effetti era logico attendersi visto che la scelta era obbligata tra piani e convessi.
Non avevo considerato la possibilità di rispondere 'non lo so', qualcuno lo ha fatto, qualcuno ha risposto 'una via di mezzo', risposta che ho assimilato al 'non lo so', comunque nel proseguimento terremo presente che è possibile farlo.
A urne ormai chiuse è arrivata l'ultima risposta da parte di Attilio Pagli che ringrazio, sposta leggermente i dati del grafico: scillae 94%, minuta 67%, bogii 40%, cossignaniorum 13%., le altre invariate.
Andando avanti si chiarirà lo scopo di queste percentuali, però abbiamo già visto che se fossimo tanto pazzi da voler suddividere le Eulimella in due gruppi sulla base del profilo non ne usciremmo fuori, ma al tempo stesso abbiamo visto però che un gruppo di esse rimane ben caratterizzato dal parametro profilo.
Ciao, Andrea |
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mitra
Utente Senior
Città: copertino
Prov.: Lecce
Regione: Puglia
1458 Messaggi
Biologia Marina |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 23:11:26
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Senza parole...sono curioso di vedere dove ci porterà questo tuo test 
Daniele |
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oxon
Moderatore
Città: genova
Prov.: Genova
Regione: Liguria
1958 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 05 febbraio 2009 : 23:35:23
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Ottima la "ricerca" per la definizione delle caratteristiche anche interpretative, condivido appieno l'espressione di Mitra, e dovunque ci porti sarà un posto interessante, tale da confermare certe convinzioni ed interpretazioni o da confutarle.
Voglio fare una semplice osservazione, il giro è piano quando affiancandogli una riga questo ne segue il profilo, il giro invece è convesso quando affiancandogli lo stesso strumento, nei pressi delle due suture si ha un vuoto: è il sistema che ho usato e non tutto torna, forse un problema di fotografia? Nel caso di cossignanorum piani a sinistra e debolmente convessi a destra. Nel caso di neoattenuata, salvo l'ultimo centralmente depresso, gli altri piani nei tre quarti superiori e rientranti nei pressi della sutura anteriore. Debolezza della rappresentazione foto-grafica, intesa in senso lato, od altro?
Ciao e grazie dell'iniziativa, che data la sua obbiettività dovrebbe interessare più persone!
oxon |
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theco
Utente Super
6114 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 06 febbraio 2009 : 17:37:16
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| Messaggio originario di oxon:
Debolezza della rappresentazione foto-grafica, intesa in senso lato, od altro?
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Sicuramente la rappresentazione grafica distorce in qualche misura la realtà, dirò di più (sperando di non essere fucilato) la rappresentazione grafica 'soppianta' la realtà.
Tutti i supporti alla determinazione che abbiamo a disposizione sono di tipo grafico (foto o disegni), noi confrontiamo i nostri esemplari reali con queste rappresentazioni e definiamo un risultato.
Fino a che la bibliografia non sarà corredata da un esemplare per ogni specie illustrata  (meglio ancora se si trattasse di un paratipo ) dovremo inevitabilmente confrontarci con rappresentazioni grafiche e quindi non introduciamo un errore supplementare facendolo anche qui.
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
6114 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 06 febbraio 2009 : 17:51:38
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Secondo giro
Discutiamo della forma generale della conchiglia, a parte Puposyrnola minuta (che ho escluso da questo test) tutte le altre possono potenzialmente essere inquadrate dal punto di vista della forma: conica (subconica) oppure cilindrica (subcilindrica).
La domanda è:
quale tra le seguenti immagini si riferiscono a specie di forma conica o subconica (e quindi non di forma cilindrica o subcilindrica)?
Tra le possibili risposte è ammesso anche il 'non lo so'.
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A voi e grazie in anticipo...
Ciao, Andrea |
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theco
Utente Super
6114 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 07 febbraio 2009 : 18:23:18
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Lo so che questo giro è più difficile 
Intanto grazie a: ang, mitra, myzar, blu, argonauta, attilio Pagli, Oxon e Marcorossi, che hanno già lanciato il cuore oltre l'ostacolo
Ciao, Andrea |
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Mathilda
Utente Senior
Città: Roma
Prov.: Roma
Regione: Lazio
3970 Messaggi
Biologia Marina |
Inserito il - 07 febbraio 2009 : 19:37:57
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| Messaggio originario di theco:
Lo so che questo giro è più difficile
Intanto grazie a: ang, mitra, myzar, blu, argonauta, attilio Pagli, Oxon e Marcorossi, che hanno già lanciato il cuore oltre l'ostacolo
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... è che c'è tanta voglia di quiz che ci attacchiamo anche a questo test
"Nulla è più urgente di una giornata al mare" Ivano Fossati (ne sono convinta anch'io) |
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oxon
Moderatore
Città: genova
Prov.: Genova
Regione: Liguria
1958 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 07 febbraio 2009 : 21:02:08
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Mah, più che dalla voglia di quiz sono spinto dalla curiosità/necessità di capire come vengono comunemente interpretatequeste variabili, in modo da potere utilizzare in maniera più omogenea le chiavi analitiche in uso.
Ciao e di nuovo grazie: la collaborazione sta trasformendosi in aiuto per me e penso per tanti, il confronto è sempre una cosa primaria e dobbiamo rendere grazie a Theco per avere evidenziato questo aspetto.
Ciao.
oxon |
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