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Galleria Tassonomica
di
Natura Mediterraneo
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 Discussione  |
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Rosalia alpina
Utente Senior
Città: Londra
669 Messaggi
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Rosalia alpina
Utente Senior
Città: Londra
669 Messaggi
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 Inserito il - 08 dicembre 2010 : 12:33:02
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181,19 KB |
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Rosalia alpina
Utente Senior
Città: Londra
669 Messaggi
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Inserito il - 08 dicembre 2010 : 12:33:30
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198,86 KB |
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Lucabio
Utente Senior
Città: Mongardino
Prov.: Asti
Regione: Piemonte
4359 Messaggi
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Inserito il - 08 dicembre 2010 : 14:41:14
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Esatto... Anacamptis coriophora R.M.Bateman, Pridgeon & M.W.Chase 1997!
Ci sono poi alcuni autori, che in base a piccole differenze
morfologiche e in base soprattutto al profumo distinguono due
sottospecie:
A. coriophora subsp. fragrans ...... con tipico odore di vaniglia e presente in tutta la penisola a sud del Po.
A. coriophora subsp. coriophora ..... con tipico odore di cimice, presente sulle Alpi e nelle zone a nord del Po.
Ciao!
 Luca
Ogni cosa che puoi immaginare, la natura l'ha già creata. Albert Einstein
Non c'è niente come la paleontologia. Nessun piacere può essere paragonato a ciò che si prova nel trovare un gruppo di ossa fossili in buono stato, che raccontano la loro antica storia in un linguaggio quasi vivo. Charles Darwin
Forum geologia e paleontologia - Forum orchidee spontanee
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cianix
Utente Senior
Città: tarcento
Prov.: Udine
Regione: Friuli-Venezia Giulia
2773 Messaggi
Flora e Fauna |
Inserito il - 08 dicembre 2010 : 20:12:12
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| Messaggio originario di Lucabio:
Esatto... Anacamptis coriophora R.M.Bateman, Pridgeon & M.W.Chase 1997!
Ci sono poi alcuni autori, che in base a piccole differenze
morfologiche e in base soprattutto al profumo distinguono due
sottospecie:
A. coriophora subsp. fragrans ...... con tipico odore di vaniglia e presente in tutta la penisola a sud del Po.
A. coriophora subsp. coriophora ..... con tipico odore di cimice, presente sulle Alpi e nelle zone a nord del Po.
Ciao!
Luca
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Personalmente trovo un pò superficiale questa suddivisione territoriale fatta da questi autori, fino ad ora in Friuli ho trovato solamente la "fragrans"
luciano |
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a p
utente ritirato in data 22.02.2012
9799 Messaggi
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Inserito il - 08 dicembre 2010 : 20:44:51
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anche nel Veneto c'è la spp. fragans
 Alessandro PD
Chi ama la Natura le lascia i suoi fiori |
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Forbix
Moderatore
Città: Portoferraio
Prov.: Livorno
Regione: Toscana
6989 Messaggi
Flora e Fauna |
Inserito il - 09 dicembre 2010 : 13:32:11
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Anche a mio avviso la separazione in due distinte subspecie, mi sembra una "forzatura", personalmente preferisco considerarle come "ecotipi" della medesima specie.
Non sono sicuro se siano state effettuate o meno indagini genetiche in merito a questa entità, mettendo a confronto le due presunte subspecie......
Mi rivolgo a Lucabio, "maestro" nel reperire articoli relativi a questi argomenti.......tu ne sai qualcosa!??
Forbix
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Rosalia alpina
Utente Senior
Città: Londra
669 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 09 dicembre 2010 : 18:48:35
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Grazie per la conferma e per l'interessante dibattito
Roberta |
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Lucabio
Utente Senior
Città: Mongardino
Prov.: Asti
Regione: Piemonte
4359 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 09 dicembre 2010 : 19:01:51
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| Messaggio originario di Forbix:
Anche a mio avviso la separazione in due distinte subspecie, mi sembra una "forzatura", personalmente preferisco considerarle come "ecotipi" della medesima specie.
Non sono sicuro se siano state effettuate o meno indagini genetiche in merito a questa entità, mettendo a confronto le due presunte subspecie......
Mi rivolgo a Lucabio, "maestro" nel reperire articoli relativi a questi argomenti.......tu ne sai qualcosa!??
Forbix
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Ahimè, ho cercato in lungo e in largo... ma finora ho trovato solo articoli in cui vengono considerate come due specie distinte (A. fragrans e A. coriophora), altre volte come due sottospecie, e altre ancora come un'unica specie (non ritenendo valida la subsp. fragrans)... ma non ho ancora trovato un solo articolo in cui si mettano a confronto geneticamente le due entità!
Ognuno dice la sua in base, al colore, all'odore, alla latitudine di ritrovamento... ma nulla di più! Io in Piemonte finora ho trovato solo esemplari che profumano di vaniglia.. quelli alla "cimice" non li ho ancora potuti annusare!   Anche se ne ho visti con tutto il fiore rosso porpora, con i lobi verdini (come questi sopra) e ipocromatici!
Ciao!
Luca
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cianix
Utente Senior
Città: tarcento
Prov.: Udine
Regione: Friuli-Venezia Giulia
2773 Messaggi
Flora e Fauna |
Inserito il - 09 dicembre 2010 : 23:17:48
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Per chi riesce a decifrarli, ho trovato questi link:
Link
Link
luciano
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mauroo
Utente V.I.P.
Città: taggia
Prov.: Imperia
270 Messaggi
Flora e Fauna |
Inserito il - 10 dicembre 2010 : 09:48:32
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Un mio piccolo contributo:
qui in provincia di Imperia, siamo a sud del Po, sono presenti le due entità: A.c. coriophora è molto rara, nota per sole tre stazioni con oltre 500 esemplari; A.c. fragrans è molto numerosa e abbondantemente diffusa.
Ecco alcuni caratteri, diversi dall'odore, che le separano, a mio avviso, in modo netto:
- pianta compatta e robusta la prima, snella e slanciata la seconda
- infiorescenza cilindrica, compatta e ad apice tronco in coriophora, infiorescenza allungata, meno compatta e ad apice conico in fragrans
- fiori generalmente di colore rosso vinoso in coriophora, frequentemente piuttosto chiari in fragrans
- casco ad apice piuttosto corto in co., solitamente molto più lungo in fr.
- sperone sempre rossastro in co., anche negli esemplari più chiari; in fr. è biancastro, anche quando presenta tonalità rosate
- qui la subsp. coriophora si trova solo in zone interne (800-1000 m) su substrato acido, la subsp. fragrans è presente solo su substrato calcareo, soprattutto in prossimità della costa, anche se si spinge oltre i 1000 m
- qui A.c. coriophora a 1000 m fiorisce prima di A.c. fragrans al livello del mare. |
Modificato da - mauroo in data 10 dicembre 2010 10:00:09 |
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Lucabio
Utente Senior
Città: Mongardino
Prov.: Asti
Regione: Piemonte
4359 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 11 dicembre 2010 : 12:00:41
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| Messaggio originario di mauroo:
Un mio piccolo contributo:
qui in provincia di Imperia, siamo a sud del Po, sono presenti le due entità: A.c. coriophora è molto rara, nota per sole tre stazioni con oltre 500 esemplari; A.c. fragrans è molto numerosa e abbondantemente diffusa.
Ecco alcuni caratteri, diversi dall'odore, che le separano, a mio avviso, in modo netto:
- pianta compatta e robusta la prima, snella e slanciata la seconda
- infiorescenza cilindrica, compatta e ad apice tronco in coriophora, infiorescenza allungata, meno compatta e ad apice conico in fragrans
- fiori generalmente di colore rosso vinoso in coriophora, frequentemente piuttosto chiari in fragrans
- casco ad apice piuttosto corto in co., solitamente molto più lungo in fr.
- sperone sempre rossastro in co., anche negli esemplari più chiari; in fr. è biancastro, anche quando presenta tonalità rosate
- qui la subsp. coriophora si trova solo in zone interne (800-1000 m) su substrato acido, la subsp. fragrans è presente solo su substrato calcareo, soprattutto in prossimità della costa, anche se si spinge oltre i 1000 m
- qui A.c. coriophora a 1000 m fiorisce prima di A.c. fragrans al livello del mare.
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Ti ringrazio mauro per queste dritte.. la prossima primavera le osserverò con occhio più critico prendendo
in esame questi parametri, nel tentativo di distinguere queste due sottospecie.
Nel frattempo, noto con piacere che il forum si sta arricchendo di preziose presenze! Dopo l'amico
Rolando, ora anche tu sei tra gli iscritti (permettimi di darti del tu anche se non ci siamo mai incontrati,
ma a forza di leggerti sul libro Orchidee d'Italia e varie altre, è come se ti conoscessi da tempo!  )
Per tanto inizio a darti il benvenuto sul forum NaturaMediterraneo, sperando di ritrovarti e poterti ancora
leggere anche tra queste pagine!!
A presto,
Ciao!
Luca
Ogni cosa che puoi immaginare, la natura l'ha già creata. Albert Einstein
Non c'è niente come la paleontologia. Nessun piacere può essere paragonato a ciò che si prova nel trovare un gruppo di ossa fossili in buono stato, che raccontano la loro antica storia in un linguaggio quasi vivo. Charles Darwin
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cianix
Utente Senior
Città: tarcento
Prov.: Udine
Regione: Friuli-Venezia Giulia
2773 Messaggi
Flora e Fauna |
Inserito il - 11 dicembre 2010 : 15:21:57
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| Messaggio originario di cianix:
Per chi riesce a decifrarli, ho trovato questi link:
Link
Link
luciano
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In calce ecco ciò che appare al 2° link, cliccando successivamente sul titolo.
Ad es. sarebbe interessante se qualcuno riuscisse a spiegare in parole (molto) povere di cosa si parla in questa pagina (non la traduzione, per quella si combina) soprattutto alla fine... e nelle ulteriori tabelle linkabili e se ciò può essere utile alla "nostra" causa .
Anacamptis fragrans cytochrome c oxidase subunit I (coxI) gene, intron; mitochondrial
GenBank: EF143110.1
FASTA Graphics
Go to:FeaturesSequence
LOCUS EF143110 1232 bp DNA linear PLN 09-AUG-2010
DEFINITION Anacamptis fragrans cytochrome c oxidase subunit I (coxI) gene,
intron; mitochondrial.
ACCESSION EF143110
VERSION EF143110.1 GI:133873000
KEYWORDS .
SOURCE mitochondrion Anacamptis fragrans
ORGANISM Anacamptis fragrans
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Asparagales; Orchidaceae;
Orchidoideae; Orchideae; Orchidinae; Anacamptis.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1232)
AUTHORS Inda,L.A., Pimentel,M. and Chase,M.W.
TITLE Contribution of mitochondrial cox1 intron sequences to the
phylogenetics of tribe Orchideae (Orchidaceae): Do the distribution
and sequence of this intron in orchids also tell us something about
its evolution?
JOURNAL Taxon 59 (4), 1053-1064 (2010)
REFERENCE 2 (bases 1 to 1232)
AUTHORS Inda,L.A. and Chase,M.W.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (27-NOV-2006) Systematic Botany, Royal Botanical Gardens,
Kew, Richmond, Surrey TW9 3AB, UK
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..1232
/organism="Anacamptis fragrans"
/organelle="mitochondrion"
/mol_type="genomic DNA"
/specimen_voucher="Bateman"
/db_xref="taxon:431277"
/note="authority: Orchis fragrans Pollini"
gene <1..>1232
/gene="coxI"
/note="cytochrome c oxidase subunit I"
intron <1..>1232
/gene="coxI"
ORIGIN
1 cangggcatt acaatgttat taaccgatcg aaactttaat acaacctttt ctgatcctgc
61 tggaggggga gaccccatat tataccagca tctctttcgg ttcttcggtt ttcaatggcc
121 cttttcagat gaaaatctga atacgcattg cgctgtatgc tgggactgtc tgcttaatgg
181 tactcctact atgttcataa gtggttttct agtcaaaccc cgatctagtc aaaatggagt
241 atctaagaca caatcagcag gtaaccaacg acataaaagc agtctagtag gaacctcaga
301 gactacatgc gcaacaactt cttcgctacg cgccttctgt gagtggctag ctggaattat
361 cgatggtgat ggaagtcttc aagttagtaa aaaaggatat acttctcttg aaattactat
421 gggacttgaa gatctaccac tactacgata tatccaacat atgcttggtg gaagtatgaa
481 aatgcgatca ggtgctaaag cttatcgtta tcgactacat aatcaatata atcaatttgg
541 tatgatgaaa ctaatgaatt gtattaatgg tcatattcga cattcagcac gactacttca
601 actacatcgt gtctgtcaag tacatgatat ctctgtaatt ctacctatta cactagatac
661 tcaatcaaat tggtttgcag gattctttga tgctgatggt accattggta tcgctatgaa
721 gaatcgacta cctcaactaa gtcttcgagt aactaagaaa tttctacaag atgtagagtc
781 ttataaggta gtatttggag gaaatatcta ctttgatagt agtcaaaatg gttactatca
841 atggtctgta caaagtagaa aagatgttat catgatgcta gattactttc aatcaagtac
901 tttccgaagt cataaatcac gacgattctt ccttattgag gaatattaca gtctttacga
961 tctcaaagca tttcaacctg acagtattca ccataaagca tggctagctt tcctagacaa
1021 atggaagaag ttgatgatat agtccacctt tcttctattc atccgcatcc gcttatatta
1081 gtagattagt agaagagaga agcaccctga agtttacatc ctaattctgc ctggatccgg
1141 tcttattagt catatcgtat cgaccttgtc gggaaaaccc cggtctttcg ggtatctagg
1201 ccatggttta tgcccatgat ccagtatagg gg
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Rosalia alpina
Utente Senior
Città: Londra
669 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 11 dicembre 2010 : 15:44:28
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| Messaggio originario di cianix:
In calce ecco ciò che appare al 2° link, cliccando successivamente sul titolo.
Ad es. sarebbe interessante se qualcuno riuscisse a spiegare in parole (molto) povere di cosa si parla in questa pagina (non la traduzione, per quella si combina) soprattutto alla fine... e nelle ulteriori tabelle linkabili e se ciò può essere utile alla "nostra" causa .
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Non penso possano essere utili, sono semplicemente sequenze geniche (nella fattispecie di un enzima mitocondriale)...
Roberta |
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Lucabio
Utente Senior
Città: Mongardino
Prov.: Asti
Regione: Piemonte
4359 Messaggi
Tutti i Forum |
Inserito il - 12 dicembre 2010 : 12:50:28
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Caro Luciano,
Non è semplice spiegare in parole povere le differenze genetiche presenti tra queste sequenze e come potrebbero influenzare la morfologia effettiva del fiore... provo a riassumere quanto ho letto!
1) Per chi non la conoscesse l'NCBI (National Center for Biotechnology Information) si tratta di una banca dati che raccoglie sequenze genetiche identificate in giro per il mondo di un'infinità di organismi. Queste sequenze una volta "scoperte" dai ricercatori possono essere depositate direttamente o vengono riportate nella banca dati se sono inserite in pubblicazioni scientifiche. Al momento nella NCBI come hai segnalato nei due link sono presenti 6 sequenze depositate che riguardano A. coriophora con possibili sottospecie:
A) Sequenza di ITS 1 - A. coriophora - Cozzolino (1997)
B) Sequenza di ITS 2 - A. coriophora - Cozzolino (1997)
C) Sequenza di ITS 1 - A. coriophora subsp. coriophora - Bernardos (2003)
D) Sequenza di ITS 2 - A. coriophora subsp. coriophora - Bernardos (2003)
E) Sequenza di COX1 - A. fragrans - Inda & Chase (2010)
F) Sequenza di rpl16 - A. fragrans - Inda, Bateman, chase (2007)
L'NCBI non si occupa di determinare se quanto depositato proviene da organismi (specie, sottospecie, ecc.) differenti.. in quanto non mi risulta che abbia il compito di ordinare sistematicamente e filogeneticamente gli organismi!
2) Per la spiegazione su cosa sono e a cosa servono le sequenze ITS preferisco rimandare a:
Link
Due sequenze sono tratte dal lavoro di Aceto,S., Caputo,P., Cozzolino,S., Gaudio,L. and Moretti,A. (1997)
TITLE Phylogeny and evolution in Orchis and allied genera based on ITS DNA variation: morphological gaps and molecular continuity.
Riguardano una specie citata come "Orchis coriophora" - TAXON ID: 59333.
A) Abbiamo le seguenze ITS 1:
001 tcgagaccct aacgagagaa tgatttgaca acctgtgaat tatttcagca gcttactaag
061 ttgttgcgca cctgttcatg tattgcatga taacctgaag gatacatgct atagatggac
121 gggagaacaa atcggcgcag ctttgcgcca aggtaaatgc atcatgagca ttttcaaccg
181 caccctcaaa gcatttatgt tttttggagt tgttgtttgc tcccaaatag ttgtatggct
241 c
B) e ITS 2:
001 cattgtgtcg ctccatagga ccttcgctgc catgcggtcg tcttatctag gatgcgtaga
061 atggcctgtc atgcgctgag gtgtggctgg ctgaagagcg ggatgatact ctcttgacaa
121 ttgtcgatta atgggtggga tggaagcccc agtactcttc atcgtcaggt tgcttcgaga
181 aagttttgca tattccagct aacccaaaca cgattgtcat cacatgacaa ttgacat
Altre due sequenze sono state depositate direttamente da:
Bernardos,S., Revuelta,J.L., Santos,M.D.L.A. and Amich,F. (2003)
TITLE Direct Submission: Bernardos et al. (2002) Karyological, taxonomic and chorological notes on the Orchidaceae of the Central-Western Iberian Peninsula. Belgian Journal of Botany 135: 76–87.
e riguardano anche queste le sequenze ITS 1 e ITS 2, ma in questo caso l'autore ha voluto specificare che provenivano da quelle che sono state identificate come:
Anacamptis coriophora subsp. coriophora - TAXON ID: 244523 e
Anacamptis coriophora subsp. carpetana - TAXON ID: 244524.
C) Anacamptis coriophora subsp. coriophora - TAXON ID: 244523
misc_RNA 1-236 "internal transcribed spacer 1"
rRNA 237-389 "5.8S ribosomal RNA"
misc_RNA 390-626 "internal transcribed spacer 2"
001 tcgagacccc taacgagaga atgatttgac aacctgtgaa ttatttcaac agcttactaa
061 gttgttgcgc acctgttcat gtattgcatg ataacctgaa ggaaacatgc tataggtgga
121 tgggagaaca aatcggcgca gctttgcgcc aaggtaaatg catcatgagc attacaccct
181 caaagcattt tatgtttttt ggagttgttg tttgctccca aatagttgta tggctc
237 tcgg
241 caatggatat cttggctctc gcatcgatga agagcgcagc gaaatgcgat acgtggtgcg
301 aattgcagaa tcccgtgaac catcgagttt ttgaacgcaa gttgcgcctg aggccagctg
361 gccaagggca cgtccgcctg ggcgtcaag
390 c attgtgtcgc tccataggac cttcgctgct
421 atgcggtcgt cttatctagg atgcgtagaa tggcctgtca tgcgctgagg tgtggctggc
481 tgaagagcgg gatgatactc tcttggcaat tgtcgattaa tgggtgggat ggaagcccca
541 gtactcctca tcgtcctgtt gcttcgagaa agttttgcat attccagcta acccaaacac
601 gattgtcatc acatgacaat tgacat
D) Anacamptis coriophora subsp. carpetana - TAXON ID: 244524
misc_RNA 1-236 "internal transcribed spacer 1"
rRNA 237-389 "5.8S ribosomal RNA"
misc_RNA 390-626 "internal transcribed spacer 2"
001 tcgagaccct taacgagaga atgatttgac aacctgtgaa ttatttcaac agcttactaa
061 gttgttgcgc acctgttcat gtattgcatg ataacctgaa ggaaacatgc tataggtgga
121 tgggagaaca aatcggcgca gctttgcgcc aaggtaaatg catcatgagc attacaccct
181 caaagcattt tatgtttttt ggagttgttg tttgctccca aatagttgta tggctc
237 tcgg
241 caatggatat cttggctctc gcatcgatga agagcgcagc gaaatgcgat acgtggtgcg
301 aattgcagaa tcccgtgaac catcgagttt ttgaacgcaa gttgcgcctg aggccagctg
361 gccaagggca cgtccgcctg ggcgtcaag
390 c attgtgtcgc tccataggac cttcgctgct
421 atgcggtcgt cttatctagg atgcgtagaa tggcctgtca tgcgctgagg tgtggctggc
481 tgaagagcgg gatgatactc tcttggcaat tgtcgattaa tgggtgggat ggaagcccca
541 gtactcctca tcgtcctgtt gcttcgagaa agttttgcat attccagcta acccaaacac
601 gattgtcatc acatgacaat tgacat
Per finire sono riportate da due differenti lavori delle sequenze per quelle che i rispettivi autori hanno identificato come:
E) Anacamptis fragrans - TAXON ID: 431277.
In questo caso le sequenze riguardano però il gene COX1 e nel secondo il gene rpl16, per cui non sono confrontabili con le sequenze ITS riportate in precedenza quindi non ci servono per capire se ci sono differenze genetiche tra la Acamaptis coriophora subsp. coriophora e la Anacamptis coriophora subsp. fragrans. (Sia l'introne del gene COX1 che rpl16 sono stati studiati in quanto, come le sequenze ITS sembrano essere dei buoni marker filogenetici).
Inda,L.A. and Chase,M.W. (2010)
TITLE Direct Submission
gene <1..>1232
/gene="coxI"
/note="cytochrome c oxidase subunit I"
intron <1..>1232
/gene="coxI"
Anacamptis fragrans - TAXON ID: 431277
1 cangggcatt acaatgttat taaccgatcg aaactttaat acaacctttt ctgatcctgc
61 tggaggggga gaccccatat tataccagca tctctttcgg ttcttcggtt ttcaatggcc
121 cttttcagat gaaaatctga atacgcattg cgctgtatgc tgggactgtc tgcttaatgg
181 tactcctact atgttcataa gtggttttct agtcaaaccc cgatctagtc aaaatggagt
241 atctaagaca caatcagcag gtaaccaacg acataaaagc agtctagtag gaacctcaga
301 gactacatgc gcaacaactt cttcgctacg cgccttctgt gagtggctag ctggaattat
361 cgatggtgat ggaagtcttc aagttagtaa aaaaggatat acttctcttg aaattactat
421 gggacttgaa gatctaccac tactacgata tatccaacat atgcttggtg gaagtatgaa
481 aatgcgatca ggtgctaaag cttatcgtta tcgactacat aatcaatata atcaatttgg
541 tatgatgaaa ctaatgaatt gtattaatgg tcatattcga cattcagcac gactacttca
601 actacatcgt gtctgtcaag tacatgatat ctctgtaatt ctacctatta cactagatac
661 tcaatcaaat tggtttgcag gattctttga tgctgatggt accattggta tcgctatgaa
721 gaatcgacta cctcaactaa gtcttcgagt aactaagaaa tttctacaag atgtagagtc
781 ttataaggta gtatttggag gaaatatcta ctttgatagt agtcaaaatg gttactatca
841 atggtctgta caaagtagaa aagatgttat catgatgcta gattactttc aatcaagtac
901 tttccgaagt cataaatcac gacgattctt ccttattgag gaatattaca gtctttacga
961 tctcaaagca tttcaacctg acagtattca ccataaagca tggctagctt tcctagacaa
1021 atggaagaag ttgatgatat agtccacctt tcttctattc atccgcatcc gcttatatta
1081 gtagattagt agaagagaga agcaccctga agtttacatc ctaattctgc ctggatccgg
1141 tcttattagt catatcgtat cgaccttgtc gggaaaaccc cggtctttcg ggtatctagg
1201 ccatggttta tgcccatgat ccagtatagg gg
F) Inda,L.A., Bateman,R.M. and Chase,M.W. (2007)
TITLE Direct Submission
Anacamptis fragrans - TAXON ID: 431277
gene <1..>1168
/gene="rpl16"
/note="ribosomal protein L16; coding region not
determined"
1 aaaaaaaaag gctgaccccc atatcaactt aatcactatg aaaactcaag aaactcaaaa
61 ctaataaata acttattgct tcgtattgtc gagatcccaa gaaacagtca ctatatgatt
121 aaatcgatca tataattgta gcaactgaaa ctcttttcat aaaaaataaa tctgattatt
181 aattgtgaaa caaagaaaag ggatgtagaa aaggaggaag gatgatagaa agagagaata
241 aagatctaaa tgatatatga ttcccatatg tatggtttat gaagaataac tccataaata
301 aaggcagtgt gataaagcat caatatgaaa gaaaaataca aaatatacga ttacaatatg
361 ataagaaaaa aaaaagagaa gaaatcaaaa aattcaatta aaattataga attaatatag
421 ataatattgt ctattatcta tctaataagc tataaaaata agatataaat aatataaaat
481 agttaaatcg agcttcgagt taagaaaaac tgaggagatt tactcggaaa caaataacat
541 attttgttgt aagctccatt gcagagttcg ggcctaaaca ttaatggaga agctatggga
601 acgatggaac ctgtgactac ataggatttt ttttgaaaac aaattaatcc taatgattcg
661 ctaggtagga tggcgaaatg aaccaagaaa taaatgaagg aggaaagagt caatattcgc
721 ccgcgaacac tttatttatt tttatgaaat ttcatatagc aaataacttt tggcatgatt
781 caatagaggt aaagtcaaat actttttcaa atttgatatt gataaaagaa agaaacatca
841 tatataaaca aacatgttcc agttatctac ttatatatac atatagctcc ctatataaca
901 gtaacaaatt ctattaaaaa aatttaaatt aatctatttt tttgatagaa taaaatacat
961 gtctatatat aagattattg aatcatttca ttcgcgagga gctggatgag aagaaattct
1021 catgtccggc tctgcagtag agatggaatt gagaaacaac catcaactat aaccccaaaa
1081 gaaccagatt tcgtaaacaa catagaggta gaatgaaggg aatatcttgc cgaggcaagc
1141 atatttgttt tggcagatac gctcttca
Da queste sequenze dell'NCBI possiamo solamente confrontare le sequenze ITS 1 e ITS 2
della Anacamptis coriophora di Cozzolino,
della A. coriophora subsp. coriophora di Bernardos e
della Anacamptis coriophora subsp. carpetana sempre di Bernardos.
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Lucabio
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Inserito il - 12 dicembre 2010 : 15:52:29
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Allineando e andando a confrontare le sequenze corrispondenti possiamo notare che ci sono diversi polimorfismi a singolo nucleotide (Link) e l'aggiunta di diverse paia di basi.
In particolare nelle ITS 1 tra la A. coriophora subsp. coriophora e la A. coriophora subsp. carpetana di Bernardos
c'è un'unica differenza costituita da uno scambio base in posizione 10 T-C.
Se si trattasse di una sequenza codificante, questa mutazione non avrebbe alcun significato nel risultato finale perchè per il fenomeno della ridondanza genetica sia il codone TTA che CTA codificano per lo stesso amminoacido (leucina) ma non divaghiamo.
Anacamptis coriophora subsp. carpetana - Bernardos (2003)
001 tcgagaccct taacgagaga atgatttgac aacctgtgaa ttatttcaac agcttactaa
061 gttgttgcgc acctgttcat gtattgcatg ataacctgaa ggaaacatgc tataggtgga
121 tgggagaaca aatcggcgca gctttgcgcc aaggtaaatg catcatgagc attacaccct
181 caaagcattt tatgtttttt ggagttgttg tttgctccca aatagttgta tggctc
Anacamptis coriophora subsp. coriophora - Bernardos (2003)
001 tcgagacccc taacgagaga atgatttgac aacctgtgaa ttatttcaac agcttactaa
061 gttgttgcgc acctgttcat gtattgcatg ataacctgaa ggaaacatgc tataggtgga
121 tgggagaaca aatcggcgca gctttgcgcc aaggtaaatg catcatgagc attacaccct
181 caaagcattt tatgtttttt ggagttgttg tttgctccca aatagttgta tggctc
Sempre nelle ITS 1 ma tra la Anacamptis coriophora di Cozzolino e quelle di Bernados la situazione è più complessa:
in posizione 11 abbiamo una base T in più nelle specie di Bernardos, che tanto per cominciare fa cambiare il frame di lettura spostando avanti di una base tutta la sequenza a valle (Link);
in posizione 48 cambio base G-A;
in posizione 103 cambio base T-A;
in posizione 115 cambio base A-G;
in posizione 120 cambio base C-T;
tra il 171 e il 181 nella sequenza di Cozzolino c'è un vero campo di battaglia con la ripetizione di parte della sequenza e l'aggiunta di 6-7 basi in più assenti nelle altre, che fanno slittare ulteriormente il frame-shift.
Anacamptis (Orchis) coriophora - Cozzolino (1997)
001 tcgagaccct aacgagagaa tgatttgaca acctgtgaat tatttcagca gcttactaag
061 ttgttgcgca cctgttcatg tattgcatga taacctgaag gatacatgct atagatggac
121 gggagaacaa atcggcgcag ctttgcgcca aggtaaatgc atcatgagca ttttcaaccg
181 caccctcaaa gcatttatgt tttttggagt tgttgtttgc tcccaaatag ttgtatggct
241 c
Anacamptis coriophora subsp. coriophora/carpetana - Bernardos (2003)
001 tcgagaccct taacgagaga atgatttgac aacctgtgaa ttatttcaac agcttactaa
061 gttgttgcgc acctgttcat gtattgcatg ataacctgaa ggaaacatgc tataggtgga
121 tgggagaaca aatcggcgca gctttgcgcc aaggtaaatg catcatgagc attacaccct
181 caaagcattt tatgtttttt ggagttgttg tttgctccca aatagttgta tggctc
Per contro le sequenze ITS 2 sono molto conservate in tutti e tre i casi, e se ho visto bene c'è solo un cambio di basi tra la A. coriophora di Cozzolino e quelle di Bernardos in posizione 31C-T, che non altera il frame-shift.
Anacamptis (Orchis) coriophora ITS 2 - Cozzolino (1997)
001 cattgtgtcg ctccatagga ccttcgctgc catgcggtcg tcttatctag gatgcgtaga
061 atggcctgtc atgcgctgag gtgtggctgg ctgaagagcg ggatgatact ctcttgacaa
121 ttgtcgatta atgggtggga tggaagcccc agtactcttc atcgtcaggt tgcttcgaga
181 aagttttgca tattccagct aacccaaaca cgattgtcat cacatgacaa ttgacat
Anacamptis coriophora subsp. carpetana - Bernardos (2003)
390 cattgtgtcg ctccatagga ccttcgctgc tatgcggtcg tcttatctag gatgcgtaga
421 atggcctgtc atgcgctgag gtgtggctgg ctgaagagcg ggatgatact ctcttggcaa
481 ttgtcgatta atgggtggga tggaagcccc agtactcctc atcgtcctgt tgcttcgaga
541 aagttttgca tattccagct aacccaaaca cgattgtcat cacatgacaa ttgacat
Anacamptis coriophora subsp. coriophora - Bernardos (2003)
390 cattgtgtcg ctccatagga ccttcgctgc tatgcggtcg tcttatctag gatgcgtaga
421 atggcctgtc atgcgctgag gtgtggctgg ctgaagagcg ggatgatact ctcttggcaa
481 ttgtcgatta atgggtggga tggaagcccc agtactcctc atcgtcctgt tgcttcgaga
541 aagttttgca tattccagct aacccaaaca cgattgtcat cacatgacaa ttgacat
Personalmente non conosco quale sia il grado di differenza necessario per poter dire che si tratta di sottospecie differenti piuttosto che di semplice variabilità intraspecifica e come determinare le relazioni filogenetiche.
Bisognerebbe avere le rispettive pubblicazioni sotto mano e andare a leggere cosa hanno concluso gli autori. Sta di fatto che le differenze proposte da Bernardos tra le due sottospecie (carpetana e coriophora) mi portano ad affermare che se non c'è altro, ovvero che la differenza è di una singola base solo nella sequenza ITS 1 (in posizione 10 T-C), allora mi sento di dire che è più che motivata la messa in sinonimia da parte di altri autori della subsp. carpetana.
Per le differenze invece che ci sono tra la sequenza di Cozzolino e quelle di Bernardos (a prescindere dal fatto che non sappiamo a quale sottospecie morfologica appartenesse quella di Cozzolino) credo che occorra considerare la distanza geografica che separa i due esemplari analizzati (Italia Vs. Penisola iberica). Per cui queste differenze nelle regioni ITS sono normali, in quanto sono dovute ad un differente percorso evolutivo e di adattamento genetico cui i soggetti di una stessa specie possono andare incontro (variabilità intraspecifica). Il difficile credo stia nel capire se queste differenze sono anche sufficienti per separare le due entità e istituire una nuova sottospecie!
Purtroppo non si può fare nessuna considerazioni tra la subsp. coriophora e la subsp. fragrans dato che le sequenze analizzate sono differenti. Non mi sembra che nessuno finora abbia sequenziato i geni COX1 e rpl16 in una Anacamptis coriophora morfologicamente determinata come subsp. coriophora, anche se attualmente non dispongo del lavoro del 2010 su COX1, nè tantomeno quello non pubblicato di Bateman et al. del 2007 sul rpl16.
Sarebbe inoltre interessante capire se Bateman et al. 2003, quando hanno elevato Anacamptis fragrans a rango specifico valido, hanno pubblicato anche dei dati di qualche sequenziamento di confronto... ma per ora non ho trovato nulla, eccetto quanto affermano nella pubblicazione:
The eight-step ITS disparity between A. coriophora
s.s. and A. fragrans, and the five-step disparity
between A. palustris s.s. and A. robusta, suggest that
Bateman et al. (1997) may have been premature in
treating fragrans and robusta as subspecies rather
than as bona fide species
Bateman et al., (2003) Molecular phylogenetics and evolution of Orchidinae and selected Habenariinae (Orchidaceae).
pag. 12,Link
Spero di non avervi annoiato mortalmente!
Ciao!
Luca
Ogni cosa che puoi immaginare, la natura l'ha già creata. Albert Einstein
Non c'è niente come la paleontologia. Nessun piacere può essere paragonato a ciò che si prova nel trovare un gruppo di ossa fossili in buono stato, che raccontano la loro antica storia in un linguaggio quasi vivo. Charles Darwin
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cianix
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Inserito il - 12 dicembre 2010 : 22:37:17
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Grazie Luca , molto più esaustivo di quanto mi sarebbe bastato, spero d non averti fatto perdere troppo tempo!
luciano |
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Lucabio
Utente Senior
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Inserito il - 13 dicembre 2010 : 18:28:17
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Nessun problema, è stato un piacere.
Un'altra interessante funzione di NCBI è la ricerca tramite il sistema BLAST
Cliccando sul link qui sopra si apre una finestra come questa:
Basta inserire nel riquadro in alto una sequenza nota che ci interessa, e cliccare in fondo alla pagiana su BLAST.
Il Basic Local Alignment Search Tool ci fornirà nel giro di una decina di secondi un elenco di tutti gli organismi che condividono una sequenza il più simile possibile.
Esempio pratico: Se copio la sequenza di ITS 1 della A. coriophora subsp. coriophora proposta da Bernardos, il sistema mi fornisce circa 60 specie di orchidee depositate nella banca dati che condividono una sequenza ITS 1, più o meno simile! Ovviamente le prime tre sono le tre sequenze ITS 1 di cui abbiamo già parlato in precedenza!
Il sistema mi indica per ogni sequenza trovata la percentuale di identità, il numero di gap, ovvero di spazi vuoti introdotti nell'allineamento per compensare inserzioni e delezioni, l'expectation value (e-value = significativa statistica), ecc.
Ovviamente se due soggetti appartengono alla stessa specie dovrebbero avere la stessa sequenza o molto molto simile... per cui la percentuale di affinità dovrebbe essere del 100% o lì vicino.
E' interessante notare come ad esempio la Orchis collina, che ha una sequenza ITS 1 simile, si trova in quarta posizione, ma con una percentuale di uguaglianza solo del 88%.
E così le Ophrys, dove la percentuale scende sotto il 79% e così via...
Ciao!
Luca
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Lucabio
Utente Senior
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4359 Messaggi
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Inserito il - 15 dicembre 2010 : 11:15:55
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Dalla seconda pagina che ho inserito sopra è possibile visualizzare i risultati ottenuti con un albero filogenetico cliccando sulla voce: [Distance tree of results].
Bisogna notare che la creazione di un albero filogenetico basato solo sull'allineamento di brevi sequenze nucleotidiche con solo con l'uso di BLAST sono decisamente meno affidabili di altri metodi di calcolo computazionale appositamenti creati per la filogenetica, per cui possono esser e utilizzati ma solo per avere un'idea generica di base per una successiva più approfondita analisi filogenetica.
Partendo dalla sequenza ITS 1 di Cozzolino si ottiene:
Partendo invece sulla ITS 1 della Bernardos si ottiene:
In entrambi i casi si evidenzia una certa distanza tra gli esemplari analizzati da Cozzolino e dalla Berardos, il che mi farebbe pensare che se quella analizzata da quest'ultima venne identificata come A. coriophora subsp. coriophora, allora quella analizzata da Cozzolino potrebbe essere la fragrans... ma ovviamente è solo una mia congettura!
Ciao!
Luca
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Anacamptis coriophora?
Inserito il - 08 dicembre 2010 : 12:32:24
