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All'inizio del periodo riproduttivo il maschio esegue una semplicissima parata nuziale spiegando a ventaglio la cresta: un ciuffo erigibile ogni qual volta l'animale si trova in stato di agitazione. Formate le coppie si provvede alla sistemazione del nido: una qualsiasi cavità che viene imbottita di penne, erba secca e paglia. Il nido emanerà inoltre un gran fetore in quanto non viene mai pulito dai rifiuti e dal liquido maleodorante emesso dall'uropigio di madre e piccoli. Questo fetore serve per tener lontano i predatori e per attirare contemporaneamente gli insetti di cui l'upupa si nutre. La nidificazione avviene generalmente in ambienti alberati ma non umidi e le uova bianche e grigie, da quattro a sette, vengono deposte, alla fine di aprile o ai primi di maggio, in cavità di alberi, fessure di rocce e anche in fori di muri. Il periodo di cova dura sedici giorni e durante questo periodo il maschio nutre la femmina portandole il cibo due o tre volte all'ora. La femmina, dopo la schiusa, resta con i piccoli per almeno dieci giorni anche in questo periodo tocca esclusivamente al maschio sfamare la famiglia. In media i piccoli ricevono l'imbeccata ogni venti minuti, e la frequenza tende ad aumentare verso il periodo centrale di allevamento per poi decrescere gradualmente. Quando l'upupa si sente minacciata, si appiattisce sul terreno con le ali e la coda spiegate. Assai caratteristica è la tecnica difensiva attuata sia dai piccoli che dalla madre in questo periodo. Se disturbati infatti, prima emettono sgradevoli vocalizzazioni quindi sono in grado di scagliare contro l'intruso il liquido puzzolente prodotto dalla ghiandola dell'uropigio. Si è potuto accertare che questa secrezione inizia sin da quattro giorni di vita per raggiungere il suo apogeo dopo due settimane. I piccoli si involano verso il venticinquesimo giorno, e cioè nella seconda metà di giugno. Vi possono essere anche due covate e in tal caso i piccoli della seconda incubazione abbandonano il nido tra la fine di luglio e la prima quindicina di agosto. Terminato il periodo riproduttivo, le upupe partono per i quartieri invernali con una migrazione poco appariscente.
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